U prugettu EuroBlight esamina l'evoluzione in corso di a patata tarda patogenu (Phytophthora infestans).
In u 2017, guasgi 1500 campioni di 16 paesi in Europa sò stati genotipati.
I risultati indicanu chì i novi cloni continuanu à sparghje.
Ultimi scuperti
Circa u 75% di i campioni appartenenu à lignate clonali definite ancu osservate in e stagioni precedenti.
Alcuni cloni sò diffusi è sò presenti in Europa dapoi più di un decenniu, ma trè cloni emergenti (EU_37_A2, EU_36_A2 è EU_41) anu aumentatu a so frequenza cumbinata da 10% in 2016 à 28% di a pupulazione in 2017.
Nantu à u listessu periodu, u genotipu 13_A2 hè diminuitu da più di 30% à menu di 20% di a pupulazione.
Un quartu di a pupulazione, principalmente da a parte nordica di l'Europa, cumpunia isolati effimeri, geneticamente diversi cunstanti cù inoculum purtatu da l'ospore. Un schema regiunale chjaru in a dominanza di i cloni versus i recombinanti sessuali hè statu osservatu in tutta l'Europa.
Alcune implicazioni di questi spostamenti è cambiamenti in corso sò discusse.
Metodologia
Dapoi u so ghjuntu in u XIXu seculu, Phytophthora infestans, a causa di a patata tarda, hè rimasta una seria minaccia per a pruduzzione europea di patate. Ancu sì simu oramai megliu armati per cuntrullà a malatia ch'è in u passatu, e pupulazioni di patogeni in evoluzione cuntinueghjanu à sfidà e pratiche di gestione integrata.
I cambiamenti rapidi in e pupulazioni di P. infestans chì causanu a testa tarda in Europa, America è Asia, inclusa l'emergenza di ceppi cù una aggressività aumentata o sensibilità fungicida ridutta, sò state osservate. In effetti, i cambiamenti in e pupulazioni di P. infestans influenzanu direttamente u sviluppu è u dispiegamentu di cultivari resistenti, a prestazione di i sistemi di avvertimentu di malatie è l'efficacia di i prudutti di prutezzione di e piante.
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Esempiu di un casu tardu inclusu in a basa di dati Euroblight
Dunque, u cunsorziu EuroBlight hà prupostu un seguitu coordinatu è cuntinuu di i patogeni in a so riunione in u 2013, è avà messu in opera cum'è attività di surviglianza in tutta l'UE, cumprendu tutti i stakeholder.
Continuemu à monitorà e populazioni è caratterizà i genotipi invasivi per aiutà à ottimisà e strategie IPM, cum'è richiestu da Direttiva UE 2009/128 / CE nantu à l'usu sustenibile di i prudutti di prutezzione di e piante.
Esempiu di una sola mostra FTA Card. E Carte FTA sò cumunemente aduprate per piglià è priservà Campioni di DNA.
Cum'è in l'anni passati, e "carte FTA" sò state distribuite à i "scouts" di malatie in tutta l'industria, chì anu visitatu i culturi infettati da a macchia. E foglie malate sò state appughjate nantu à e carte è riturnate in i laboratorii induve l'ADN patogenu hè statu imprintatu in l'Istitutu James Hutton è INRA Rennes. I dati di impronte digitali di DNA definiscenu e sterpe clonali di u patogenu, è sò cumbinati cù dati di geo-situazione per tracciare a diversità in tutta l'Europa. A pressione di e malatie in 2017 era più bassa di quella in 2016, chì riduce leggermente a frequenza di campionamentu è a distribuzione.
Circa 1500 campioni sò stati raccolti da più di 20 partenarii in 16 paesi europei. Cum'è l'anni precedenti, i dati di a campagna AHDB Potatoes 'Fight Against Blight' da e colture in Gran Bretagna (GB) sò incluse. Inclusi ancu i dati di i partenarii in u Prughjettu IPMBlight2.0, chì genera dinò dati di fenotipu patogenu per sustene e strategie IPM. I dati cumbinati da 2013-2017 includenu avà più di 6347 campioni da 34 paesi. Cù u sustegnu di gruppi internaziunali, i dati sò stati ancu inseriti per e parti di l'Asia, l'America Meridionale è l'Africa di u Nordu.
Findings
Durante l'ultimi cinque anni, 60-79% di a pupulazione era cumposta di lignaggi clonali cunnisciuti chì si ripetenu ogni stagione. I campioni restanti eranu genotipi novi, geneticamente diversi, trovati per u più in un locu unicu in una stagione è raggruppati in una categuria chjamata 'Altru' (sottu).
(Cliccate per accede à a basa di dati interattiva)
Cartografia di i genotipi di Phytophthora infestans truvati in tutta l'Europa in u campionamentu EuroBlight durante u 2017. Cliccate l'imagine per accede à una versione interattiva di sta carta. (Cortesia: Euroblight 2018)
In 2017, u clone EU_13_A2 (turchinu-13) hè calatu da u 31% di i campioni à u 19% chì, per a prima volta, era più bassu di quellu di EU_6_A1 (23%).
A distribuzione glubale di u clone aggressivu EU_13_A2 è a so resistenza à u metalaxyl continua à influenzà l'efficacia di a gestione in Europa, parti di l'Asia è di u Nordu di l'Africa, rinfurzendu a necessità di dati patogeni per supportà e migliori pratiche IPM.
A frequenza di EU_6_A1 era stabile, ma questu clone restava localizatu in GB, Francia è un campione unicu da Belgio.
A frequenza di EU_1_A1 hè ancu diminuita da 4.5 à 2.2% di a pupulazione, è hè stata trovata in i listessi paesi cum'è EU_6_A1.
Trè novi cloni anu spustatu i genotipi sopra citati è anu aumentatu a so gamma in u 2017.
- Genotipu EU_36_A2 hè stata prima campionata à basse frequenze in e zone di patate amidacee in Germania è Paesi Bassi in 2014 è 2015.
Durante u 2016 è u 2017, a so incidenza hè aumentata da 3.7 à 8.8% di a pupulazione, è si hè sparta in i Paesi Bassi in Belgio, GB, Danimarca è Polonia. - Genotipu EU_37_A2 hè stata rilevata per a prima volta in Noordoostpolder in Olanda in u 2013, è hè stata locale à bassa frequenza in u 2014 è u 2015.
Hè aumentatu à 5.5% di a pupulazione campionata in 2016, è in 2017 hà righjuntu 14.4%, diventendu ancu stabilitu in Inghilterra, Belgio è u nordu di a Francia. - Genotipu EU_41 hè statu arregistratu per a prima volta in Danimarca in u 2013.
Avà hè diventatu stabilitu, chì face u 4.5% di a pupulazione di u 2017 è s'hè spargugliatu in u sudu di a Norvegia è in Svezia è in u nordu di a Polonia in un mudellu cuncordante cù a dispersione aerea. U test di tippu di accoppiamentu di EU_41 hè in attesa.
A sopravvivenza è a diffusione di questi cloni, quandu altri diminuiscenu o ùn anu micca stabilitu, suggerisce chì sò evolutivamente in forma è ponu pone sfide à u cuntrollu di e malatie.
A sensibilità ridutta à u fluazinam era riportatu in EU_37_A2 da l'Università di Wageningen in 2017, chì ghjè avè implicazioni nantu à e pratiche di gestione. Tuttavia, nisuna infurmazione hè ancu dispunibile nantu à a sensibilità di l'altri cloni à l'ingredienti attivi fungicidi.
Infine, i campioni "Altri" geneticamente diversi eranu 25% di a pupulazione, è sò stati à a più alta frequenza in u livante è u nordeste di l'Europa. In cuntrastu à alcuni cloni, i tratti pusseduti da i "Altri" isolati è altri cloni ùn sò ancu cunnisciuti. Tuttavia, u Prughjettu IPMBlight2.0 hà iniziatu un studiu detallatu di e caratteristiche di l'isolati clonali è sessualmente ricombinanti per aiutà à migliurà a gestione è a previsione tardi di a testa.
A diversità genetica di a pupulazione 2017 pò esse visualizata aduprendu un strumentu d'analisi (poppr 2.0) ligatu à a basa di dati patogeni EuroBlight. A rete minima di spannamentu (sottu) mostra a struttura di pupulazione di u 2017, cumpresi solu i cloni identificati. Una notevole diversità sottoclonale in a linea EU_13_A13 di 2 anni hè osservata paragunata à quella in i cloni "più ghjovani". "Altri" isolati (micca mostrati) sò geneticamente diversi è distribuiti in tutta a rete. Analisi dettagliata hè in corsu per esaminà u cambiamentu di pupulazione aduprendu sti strumenti.
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A diversità genetica di u 2017 Phytophthora infestans pupulazione visualizata cù poppr 2.0 (rete spannata minima)
U mudellu EuroBlight di traccia di i patogeni hè un approcciu rapidu, efficiente in termini di costi è coordinatu per capisce l'evoluzione di i patogeni à scala europea. I dati nantu à i cloni dominanti sò stati trasmessi à vignaghjoli, cunsiglieri, allevatori è cumpagnie agrochimiche per furnisce cunsiglii pratichi di gestione è furmà strategie à longu andà. I dati furniscenu un primu avvertimentu di l'incidenza è di a diffusione di novi cloni chì permettenu una risposta puntuale da l'industria.
A rete EuroBlight continua à armonizà i metudi cù altre reti in l'America è in l'Asia è incuragisce a cullaburazione cuntinua trà i gruppi impegnati in a gestione di a testa tarda per sfruttà a basa di dati è l'utili per una cunniscenza è una gestione megliu di a testa à scala glubale.